يتولى هذا القسم مهمة حماية المال العام عن طريق تنفيذ القوانين والتعليمات المحاسبية والرقابية والتحقق من الإنفاق على أوجه الصرف الصحيح ورفع تقارير لمعالجة الانحرافات والتجاوزات المالية والإدارية وتدقيق رواتب موظفي الكلية وأجور المحاضرات ، وتدقيق ميزان المراجعة وتدقيق كشف البنك وتدقيق الميزانية العامة والأوامر الإدارية (العلاوات والترقيات وأوامر اللجان والتخصيصات .. الخ ) ومهمة تدقيق الحسابات الختامية وتدقيق السجلات الأستاذ العام وجرد الصندوق والمخزن وتدقيق الموجودات الثابتة وسجلات المحاسبة المخزنية
يتكون القسم من الشعب التالية :ــ
• شعبة التدقيق المالي :ــ
1. تدقيق سجل يومية الصندوق / محاسبة 66 وسندات القيد المرافقة لها
2. تدقيق سند الصرف للمعاملة المالية المستوفية للشروط و التعليمات النافذة
3. تدقيق السجلات المحاسبة الأساسية و الفرعية والجداول المرافقة لها (اليومية العامة , التخصيصات , الامانات , الدائنون , الإيرادات , السلف ) وميزان المراجعة وشهادة موجودة المصرف .
4. تدقيق رواتب موظفي الكلية ( ملاك و عقود ومنحة هيئة )
5. تدقيق سجل وجدول ميزان المراجعة للحساب الاستثماري(الخطة الاستثمارية)
6. تدقيق السلف المؤقتة الممنوحة
7. تدقيق الكشوفات الهندسية الخاصة بتنفيذ الاعمال
8. تدقيق سجل التوحيد
• شعبة الرقابة الداخلية :ـــ
1. التدقيق والفحص الشامل لأوجه نشاط الكلية الإداري
2. الجرد المفاجئ لشعبة امانة الصندوق في قسم الحسابات وبشكل دوري
3. القيام بالزيارة الميدانية لأقسام الكلية والمحافظات
4. المساهمة والاشراف على لجان الجرد والمطابقة السنوية
التعاون والتنسيق مع ديوان الرقابة المالية الاتحادية